132 centres de référence ont été labélisés de 2004 à 2007 dans le cadre du Plan National des Maladies Rares (2005-2008). Ils constituent des lieux d’expertise et de recours, avec un recrutement le plus souvent national ou interrégional. Le CHU est présent dans trois centres de référence : des leucodystrophies (Pr Odile Tanguy), des anomalies du développement et syndromes malformatifs (Dr Christine Francannet, des neuropathies périphériques rares (Pr Pierre Clavelou). Ces centres de référence organisent progressivement le maillage territorial avec des structures déjà existantes : les « centres de compétences ». Ces derniers assurent la prise en charge et le suivi des patients au plus près de leur domicile.