L’expertise biologique
Le premier rôle d’expertise du CNR est basé sur le renforcement du diagnostic des légionelloses. Il analyse au quotidien des sérums et des prélèvements pathologiques adressées par les laboratoires d’analyses médicales privés ou publics pour confirmation de diagnostic ou pour réaliser un diagnostic de première intention. Il dispose ainsi d’un réseau de plus de 400 correspondants. Il reçoit également des souches cliniques et des souches environnementales pour identification précise et typage moléculaire.
Les missions secondaires du CNR sont de contribuer à l’amélioration du diagnostic des légionelloses par :
1- l’évaluation de nouvelles techniques de diagnostic et leur diffusion par le biais d’information et de formation. Il a par exemple participé à la diffusion de la technique de détection d’antigènes urinaires et au développement d’un test unitaire utilisable en urgence.
2- le développement de nouvelles techniques de diagnostic telles que des techniques rapides d’amplification génique sur des prélèvements biologiques basées sur une méthode de PCR en capillaire ou des techniques rapides de détection des légionelles dans l’eau par cytomètre d’image.
3- un rôle de conseil et de formation des biologistes sous forme de cycle de formation.
LA CONTRIBUTION A LA SURVEILLANCE EPIDEMIOLOGIQUE
– Le CNR participe à la surveillance nationale des caractéristiques et de l’évolution de l’incidence de la légionellose en diagnostiquant 70 % des cas de légionelloses déclarés.
– Le CNR a un rôle d’alerte en signalant aux autorités sanitaires les phénomènes anormaux telle que l’apparition de cas groupés. Un réseau de surveillance des légionelloses a été mis en place en France qui s’articule entre l’Institut de Veille Sanitaire, les DDASS, le Centre National de Référence des Légionelles, les cliniciens et les laboratoires. En parallèle de la déclaration des cas faite par les cliniciens et les biologistes aux DDASS, chaque cas de légionellose diagnostiqué au CNR est notifié à l’Institut de Veille Sanitaire. Ce réseau a pour objectif de détecter précocement les épisodes épidémiques.
– Le CNR apporte ses compétences microbiologiques lors d’enquête épidémiologique qu’il s’agisse d’épisode épidémique ou d’enquête ponctuelle. Ainsi, chaque souche clinique de légionelle isolée en France est envoyée au CNR. Les souches sont envoyées spontanément par les différents laboratoires au CNR ou réclamées par ce dernier si les cas correspondants ont été déclarés. La mise en place d’une collection unique nationale par le biais du CNR permet un typage moléculaire systématique de toutes les souches de légionelles. Les profils de restriction de l’ADN chromosomique de ces souches obtenus par électrophorèse en champ pulsé documentent une banque de données ; ces profils sont ainsi systématiquement comparés entre eux. Compte tenu de la diversité génétique de la population, la reconnaissance de profils identiques permet de suspecter une source de contamination commune. La banque de données du CNR contient actuellement 2800 souches dont plus de 600 souches cliniques.
– Le CNR collabore au réseau international de surveillance des légionelloses liées au voyage (groupe EWGLI, European Working Group of Legionellosis Infection) en apportant ses compétences microbiologiques lors d’enquêtes épidémiologiques. Pour permettre un échange européen sur les données du typage moléculaire des souches de légionelles, le CNR développe une technique basée sur le séquençage nucléotidique.
