L’unité de recherche universitaire rennaise EA 3888 « Modélisation Conceptuelle des Connaissances » dirigée par le Pr Anita Burgun fait partie des équipes françaises les plus dynamiques dans une nouvelle discipline : la modélisation des données biomédicales. Elle vient d’être labellisée par l’Inserm le 1er janvier 2009 et prend l’appellation U936.
Une nouvelle discipline de la recherche médicale au carrefour de la médecine, de l’informatique, de la génomique, de la philosophie analytique et des sciences du langage.
L’équipe rennaise conduit des travaux de recherche en méthodologie de la connaissance dont le but est d’intégrer des informations dispersées, hétérogènes pour les transformer en données symboliques interprétables. En effet, l’explosion des découvertes dans le domaine de la biologie moléculaire a engendré un nombre considérable de données provenant de la génomique (séquences ADN, ARN, protéomes …), de l’épidémiologie, de l’environnement (toxiques, pesticides), de la clinique (bilans cliniques, biologiques, dossiers médicaux), de l’imagerie (scanner, IRM) qu’il n’est plus possible de traiter ni manuellement ni avec l’informatique existante. Pour pouvoir échanger des informations qui aient un contenu compréhensible par tous (humains et machines) et universel, il faut développer de nouvelles méthodes pour structurer et partager la connaissance.
L’informatique médicale translationnelle : une méthodologie pour inventer la médecine de demain, prédictive, préventive, participative, personnalisée
L’informatique médicale est « une brique » essentielle dans la construction de la médecine de demain. Parce qu’elle apporte la puissance et la méthode nécessaires à la communication et au traitement des milliards de données notamment dans le domaine de la génomique, elle participe à l’élaboration de nouveaux concepts de la médecine du XXI ème siècle. Résumée par l’expression 4 P, pour prédictive, préventive, participative et personnalisée, cette vision de la médecine est une véritable révolution qui devrait permettre de relever les défis majeurs que sont le vieillissement de la population, les inégalités en santé, le retour des maladies infectieuses, la lutte contre le cancer, l’obésité et les maladies mentales. C’est une médecine qui s’élabore par des allers retours permanents entre la paillasse (bench) et le lit du malade (bedside), entre la recherche fondamentale in vivo et in vitro, la recherche in silico (recherche informatisée menée sur les bases de données via les terminaux) et la recherche clinique.
Rennes, l’esprit pionnier en informatique médicale
L’unité de recherche s’appuie sur une longue tradition d’innovation en informatique médicale, ayant donné lieu à des premières médicales: le système ADM (aide à la décision médicale) et le système Iconocerf qui permet la consultation d’images radiologiques de référence, sous l’impulsion d’un pionnier, le Pr Pierre Lenoir et du Pr Pierre Le Beux . Formée à Rennes et à Bethesda, le Pr Anita Burgun a orienté les recherches de l’équipe vers l’organisation du savoir médical en ontologies. Il s’agit de définir et partager des vocabulaires spécifiques, préciser les terminologies, donner du sens aux données en fonction de leur contexte. C’est pourquoi sont réunis dans une même équipe des médecins, des informaticiens, des spécialistes du langage et des biologistes.
Une équipe bien connectée aux réseaux de recherche du Grand Ouest
Des collaborations étroites unissent les grandes équipes universitaires et hospitalières rennaises : le LTTC du Pr Jégou, l’IRISA, l’EHESP, l’INRA. Elles préfigurent l’émergence d’un pôle rennais d’excellence que cette labellisation Inserm contribue à conforter. Les programmes de recherche sont menés en outre en collaboration avec le CHU : télécardiologie avec le CIT…
Une reconnaissance nationale et internationale
L’équipe mène des programmes de recherche avec les plus grands centres de recherche européens et nord américains dont le prestigieux National Health Center à Bethesda, plus important centre de recherche mondial dans ce domaine.
